Evaluación bioinformática de datos Hyb-Seq para tres especies de Salvia subgénero Calosphace (Lamiaceae)

Resumen

El subgénero Calosphace es el más diverso del género Salvia; su distribución abarca el continente americano, siendo México y Centro América de las regiones de mayor diversidad. Estudios filogenéticos del grupo con secuenciación Sanger para marcadores de núcleo y cloroplasto, han resuelto las relaciones profundas para Salvia, sin embargo, en las relaciones superficiales, frecuentemente se observan politomías. Con los avances tecnológicos e informáticos, se han desarrollado técnicas de secuenciación masiva (NGS del inglés Next Generation Sequencing) que, al aplicarlas para inferencias filogenéticas, han resultado en filogenias más robustas a niveles superficiales. En este estudio se analizaron 30 especies del subgénero Calosphace con el protocolo NGS Hyb-Seq, el muestreo incluye también a tres especies representadas por dos muestras cada una de distinta procedencia. Se amplificaron 98 genes nucleares y con el pipeline HybPhyloMaker se generó el mapeo, alineamiento y filtrado de los genes amplificados. Finalmente se construyeron árboles de genes y árboles de especies con FastTree y ASTRAL respectivamente. La inferencia filogenética resuelve 5 clados principales coincidentes a secciones sensu Epling. De las tres especies en las que se evalúa su monofilia, S. hispanica y S. purpurea se recuperan como monofiléticas, con altos valores de probabilidad posterior local; sin embargo S. polystachia muestra no ser monofilética. Adicionalmente se muestran dos alineamientos MAUVE, con pocos reordenamientos en los pares de muestras de S. hispanica y S. purpurea y reacomodos importantes para el par de S. polystachia. Datos obtenidos con Hyb-seq pueden ayudar a resolver relaciones filogenéticas en niveles superficiales de la filogenia de Salvia y a su vez, nos permite identificar que especies requieren de otros estudios complementarios para esclarecer sus relaciones evolutivas.